Научно-исследовательский центр "Байкальский регион", состоящий из нескольких научных подразделений, официально оформился в 2000 г., став, фактически, наследником гуманитарного центра ИГУ, созданного в начале 1990-х гг.
Изыскания междисциплинарного международного статуса археологов и этнографов принципиально совпадали с разработками на историческом факультете ИГУ по проблемам позиции России в международных процессах былой истории и современной интерьерной динамики. В это же время судьба НИЦ вузовской прописки фактически была решена. В ректорате ИГУ потребовали, чтобы новое научное подразделение – научно-исследовательский центр – стал общегуманитарным и состоял при научно-исследовательской части (НИЧ) университета. Это была откровенная тактическая и, конечно, стратегическая ошибка. Но ректор, профессор Ф.К. Шмидт был непреклонен, хотя проректор по науке, профессор А.И. Смирнов и профессор Г.И. Медведев потратили достаточно времени и сил, убеждая его в бесперспективности «общегуманитарного собрания». В декабре 1992 г. перегруженный «гуманитарный ковчег» приказом ректора отправился в свое непредсказуемое научное плавание. В названии значилось: Научно-исследовательский центр международных гуманитарных программ (НИЦ МГП) при НИЧ Иркутского государственного университета. В мае 1993 г., когда академик А.П. Деревянко и профессор А.И. Смирнов, подписав соглашение о создании совершенно нового, удивительного, как тогда казалось, в своей перспективе вузовско-академического подразделения – Иркутской совместной лаборатории археологии и палеоэкологии СО РАН - ИГУ (ИСЛАП СО РАН - ИГУ), поднимали тост за здоровье тех, кто с успехом будет трудиться в этом подразделении, из гуманитарного университетского «ковчега» уже успело «сбежать на берег» более 2/3 его населения. Подобная «объединенная арабская республика» при НИЧ существовать не могла органически. В 1994 г. оставались представители только двух кафедр: археологии и этнологии и международных отношений – так сказать, старой привычке.
Еще в 1991 г. состоялись предварительные переговоры о совместных проектно-тематических работах на археологических объектах Байкальской Сибири с представителями министерства культуры и образования Бельгии. Речь шла о возможности финансирования исследований палеолитического местонахождения в Мальте через организацию совместной экспедиции Королевских музеев истории и искусств в г. Брюсселе и Иркутского государственного университета (Г.И. Медведев, Е.А. Липнина). Одновременно была проведена полевая рекогносцировка под российско-канадский проект на опорных местонахождениях Ангаро-Бельского (Н.А. Савельев) и Ольхонского (О.И. Горюнова) регионов. Проекты были введены в работу в 1995 г. А в 2004 г. в реестр международных договоров вошли университет Токио и университет Хоккайдо. Российско-бельгийский проект не получил в 1998 г. пролонгацию по причинам, от России не зависящим. Российско-канадский и российско-японский проекты продуктивно развиваются по сей день. С 2010 г. обозначились тенденции к их объединению с подключением к означенной триаде Монгольской академии наук и образованию Восточно-Евразийской геоархеологической ассоциации долгосрочных международных междисциплинарных изысканий по проблематикам антропогеновой палеотехнологической летописи. Проектно-грантовые успехи НИЦ «Байкальский регион» в 1990-х гг. обеспечили возможность выиграть в 2001 г. крупный долгосрочный проект по науке в министерстве образования и науки под рубрикой «Антропоген – природа и общество – изменчивости – шаги и ритмы». Означенные проекты и последовательное участие в новых научно-исследовательских и научно-практических грантовых предприятиях образуют современный энергетический массив общего движения археолого-этнологических изысканий.